Trung tâm Y tế huyện Hưng Hà là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế; chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị y tế tuyến tỉnh, Trung ương và chịu sự quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân huyện Hưng Hà theo quy định của pháp luật.